그동안 종족간의 갈등을 피해 많은 사람들이 고향을 떠나 떠돌이 신세가 되었다. 2000년에만 약 70,000명의 사람들이 부룬디를 탄자니아로 망명했다. 부룬디의 군인들이 설치된 지뢰는 국경지역을 향해 계속되는 망명의 물결을 방해했다. 최근에는 부룬디에서 약 330,000명의 피난민들이 생겼다. 상당부분 1999년 말경에 추방되었던 500,000명 가량의 사람들은 난민지역에서 조차도 머물지 못해 강제로 추방되어야만 했다. 그들은 기아와 각종 질병으로 늘 죽음의 위기에 직면해야만 했다.
정부군을 향한 야당단체들로부터의 공격이 있은 후 1999년 9월에 정부는 290,000이상의 시민들,
특히 대부분은 후투 족에 속하는 사람들을 고향인 부줌부라 지역에서 강제로
생활조건이 열악한 재교육 수용소로 쫓아내었다. 재교육 조처에 대한 국제적인 비난이
쏟아지자 정부는 모든 재교육 수용소를 폐쇄하겠다고 발표하였다. 그리고 부줌부라 지역
근처에 있는 세 개의 수용소는 해체되었다. 대략 40,000명의 사람들은 즉시 자신들의
고향으로 돌아가라는 지시를 받았다.
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