정부통제 하에 있는 많은 도시들로부터 고문과 가혹행위에 대한 보고가 계속적으로 흘러나오고 있다. 특별히 정부에 반대한다는 혐의를 받는 사람들은 늘 불안에 떨며 살아야만 했다. 고문에 대한 보고에 따르면 어떠한 조사도 없고 또한 가해자들이 법정 앞에 서는 일은 결코 없었다고 한다. SPLA 통제 하에 있는 지역으로부터 국제사면위원회는 고문에 대한 비난을 접수받았다. 감옥에서 보고된 바에 따르면 고문으로 인해 사망한 랑랑(Langlang), 콜(Abdalla Col), 아단(Hassan Abu Adhan) 그리고 오키니(Gladino Sam Okieny)에 대한 어떠한 조사도 행해지지 않았다고 한다. 네 명의 남자들은 보마(Hillary Boma) 및 1998년 카르툼에서 폭발물을 설치했다는 혐의를 받고 수용된 다른 25명과 더불어서 함께 있었다. 보마와 다른 수용자들은 1999년에 사면 조치되어 풀려났는데, 그들은 자신들이 감옥에서 고문당했고, 또 이에 대해 수사를 요구했을 때 관계당국이 허락하지 않았다고 증언했다. 12월에 8명의 야당 회원들은 미국외교관들과의 만남이 이루어지는 동안에 쿠데타를 도모했다는 비난을 받고 체포되었다. 몇 일 후에 관계 당국은 변호사 술레이만(Ghazi Suleiman)과 하산나인(Ali Mahmoud Hasanain)을 체포했는데, 이는 그들이 야당정치인들의 체포에 대한 반대서명서에 서명했기 때문이었다. 슐라이만(Ghazi Suleiman)은 구금 중에 머리 손상을 입었고 보고에 따르면 두 차례에 걸쳐 병원으로 실려가야만 했다고 한다.
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