군인들은 여성들에 대한 강간행위를 자행했는데, 이 일은 내란이 있은 후에 다반사로 이루어지는 일이었다. 상당수의 보고는 성적 노예행위, 강간, 그리고 강요된 임신 등을 포함한 성적인 추행이 이루어지고 있음을 전해주고 있다. 정부군 및 반정부군들은 강간을 전쟁의 수단으로 사용하고 있었다. 다시 말해서 이는 전투지에 있는 시민들을 조직적으로 비인간적으로 다루고 굴욕을 주기 위함이었다. 강간은 언급되어서는 안 되는 것이었고 희생자들은 처참하게 다루어졌기 때문에 그러한 일들이 여론에 공개되는 것은 매우 드문 일이다. 수많은 보고들에 따르면, 여성들은 땔감을 줍거나 물을 길어올 때 납치되어, 군대의 짐을 나르는 짐꾼으로서 약탈된 마을로부터 가져온 물건들을 나르는데 강제 동원되었다. 많은 여성들은 채무를 갚지 못해 대신 노예생활로서 지내야만 했는데, 그들은 군인들을 위한 시설을 청소하고, 요리를 하며 또한 다른 일들을 위해 동원되기도 했다.
이와 같이 여성들의 권리에 대한 경시 풍조는 만연되어 있다. 중앙 수단에서는 특히 수도 카르툼의 여성들은 그들의 활동의 자유가 심각한 정도로 제한되어 있다. 9월에 카르툼의 한 사령관은 법을 공포했는데, 그 안에는 여성들이 공공장소에서 일하는 것을 금하는 조항이 있었다.
몇 일 후에 이러한 법에 대한 벌여진 평화적인 데모에서 26명의 여성들이 체포되었고, 또한 경찰이 데모를 해산시킬 목적으로 데모대를 향해 최루탄을 발포했던 관계로 3명이 상해를 입었다.
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