스페인 식민지 통치하에 있던 1551년에 스페인 국왕 펠리뻬 2세(Felipe II)에 의하여 멕시코대학으로 설립되었다. 라틴아메리카에서 가장 오래된 대학중의 하나로, 스페인 국왕과 로마 교황의 원조를 받아 신학ㆍ법학ㆍ의학을 중심으로 운영되었다. 1821년 멕시코가 독립한 후 100여년 흐른 1910년에 멕시코국립대학이 되었다. 그리고 1929년 완전한 자치권을 획득하여 현재의 명칭으로 변경하였는데, 대학명칭을 직역하면 멕시코 자치국립대학교이다. 1953년 창립 400주년을 맞아 멕시코시티 남부에 위치한 현재의 이전하였는데, 학생수가 약 20만 명에 이를만큼 규모가 커서 보통 대학도시(Ciudad Universitaria)라고 부른다. 특히 중앙도서관과 대학본부에 그려진 후안 오고르만과 시케이로스의 벽화는 매우 유명하다.
법학ㆍ경제학ㆍ인문학ㆍ정치과학ㆍ경영학ㆍ회계학ㆍ심리학ㆍ화학ㆍ물리학ㆍ음악ㆍ간호학ㆍ공학ㆍ의학ㆍ치의학ㆍ수의학ㆍ축산학ㆍ건축학 등의 학부가 있고 응용수학연구소ㆍ시스템연구소ㆍ법학연구소ㆍ 인류학연구소 등 30여 개의 연구소가 부설되어 있다.
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